Головной мозг. Атлас мозга с микронным разрешением появился в открытом доступе

Может сильно меняться в зависимости от условий окружающей среды. Таким образом, транскриптом характеризует функциональную активность одной клетки, группы клеток, определенной ткани или даже целого организма. Специалисты из Института Аллена под руководством Аллана Джонса составили транскриптомный атлас мозга человека, который позволит не только расширить наши знания о функциях отдельных зон мозга, но и лучше понять причины заболеваний центральной нервной системы.

Эта работа заняла первое место в номинации «лучшее новостное сообщение» конкурса « »-2012.

Спонсор конкурса - дальновидная компания Лайф Текнолоджиз .

От простого к сложному

В 2001 Поль Аллен основал в Сиэттле (США) Институт исследования мозга (Allen Brain Institute). Поскольку начинать сразу с мозга человека было бы слишком самонадеянно, первым проектом Института стал Allen Mouse Brain Atlas - атлас транскриптома головного мозга мыши. Проект был начат в 2004 году и завершен за 2 года.

Целью этого исследования было, во-первых, подробное гистологическое изучение морфологии мозга, а во-вторых, исследование транскриптома с помощью гибридизации in situ (см. врезку). Результат представляет собой полноценную базу данных, где собрана информация о том, в каком участке мозга какие гены работают. Данные представлены как в виде фотографий классических срезов мозга, так и в виде цифрового трехмерного изображения (рис. 1).

Важной особенностью проекта Allen Mouse Brain Atlas было решение авторов выложить все результаты в открытый доступ по адресу www.brain-map.org , где любой желающий может найти информацию об экспрессии конкретного гена в конкретной зоне. Все данные доступны для скачивания, а для опытных пользователей был разработан ряд программ, например NeiroBlast, который позволяет находить гены с одинаковым паттерном экспрессии.

За шесть лет Allen Mouse Brain Atlas стал важным источником информации для экспериментальных работ, в том числе при изучении работы дофаминэргической системы мозга , аддиктивного поведения , разработке моделей для исследования заболеваний нервной системы и многих других. Интересно, что атлас использовался не только учеными, работающими с мышами, но и теми, кто использует в своих исследованиях крыс , дрозофил и даже нематод .

Работа над картой мозга мыши позволила оптимизировать экспериментальные методы для автоматизированной потоковой работы, разработать необходимое программное обеспечение и способы обработки больших массивов данных. Благодаря приобретенному опыту Институт Аллена смог приступить к построению транскриптомной карты головного мозга человека.

Раздел для любителей технических деталей

Две основные методики этого исследования Allen Brain Atlas называются гибридизацией in situ и методом РНК-микрочипов (по-английски его обычно называют microarray ). Оба они основаны на принципе комплементарности азотистых оснований.

Гибридизация in situ

Образование водородных связей по принципу комплементарности между первой молекулой РНК (исходно присутствующей в клетке) и второй (созданной экспериментатором) с образованием двуцепочечного комплекса называется гибридизацией. In situ (лат. «на месте») добавляют к названию метода, т.к. гибридизация РНК в этом случае производится непосредственно там, где клетки производят РНК - в образце ткани. Если пометить комплементарную молекулу РНК и обработать раствором таких молекул образец ткани, то можно визуализировать клетки, производящие данную РНК.

См. также ролики:

РНК-микрочипы

Метод микрочипов также основан на способности РНК к гибридизации. Этот метод можно использовать в крупномасштабных скринингах для регистрации малого количества РНК с высокой чувствительностью.

По масштабу проект Алленовского атласа человеческого мозга можно сравнить с проектом «Геном человека»*. Прежде всего, этот атлас дает надежды на успешный поиск новых подходов к лечению заболеваний нервной системы, таких как болезнь Альцгеймера, болезнь Паркинсона, аутизм и т.п. Разработанный метод анализа позволит сравнивать транскриптомы мозга больных со здоровым контролем, что даст возможность понять молекулярные основы заболевания. Сравнение транскриптома мозга человека и приматов позволит разобраться со многими вопросами эволюции человека (например, почему люди так преуспели в вербальной коммуникации и при чем тут печально известный «ген речи» ).

* - Довольно подробный разбор этой программы приводится в статье « ». - Ред.

Большой интерес представляет исследование функций малоизученных генов, экспрессия которых была обнаружена при составлении атласа. Вероятно, они могут пролить свет на ранее неизвестные или малоизученные аспекты работы мозга и его взаимодействия с другими органами, как например, недавнее открытие роли гена COMT в проявлении эффекта плацебо .

Одним словом, сегодня еще рано судить обо всех возможностях, открывающихся с появлением атласа транскриптома мозга человека, однако не будет преувеличением сказать, что нейробиологи получили новый мощный инструмент для своих исследований.

Литература

  1. Lau С. et al. (2008). Exploration and visualization of gene expression with neuroanatomy in the adult mouse brain . BMC Bioinformatics 9, 153;
  2. Alavian K.N., Simon H.H. (2009).

Головной мозг располагается в полости черепа. Вес мозга новорожденного малыша составляет примерно 380 грамм у мальчика и 350 грамм у девочки. В течение 5 лет после рождения вес мозга стремительно растет и в возрасте 6 лет мозг практически окончательно сформировывается в своих размерах (на 90%). В 25 лет мозг останавливается в своем росте, а его масса составляет коло 1400-1500 грамм.

Человеческий мозг подразделяется на несколько отделов, каждый из которых выполняет свои предопределенные функции. При визуальном срезе мозга, основные отделы представляются следующим образом.

  1. Большие полушария (конечный мозг)

Конечный мозг, который включает в себя правое и левое полушария, мозолистое тело, полосатое тело и обонятельный отдел, выступает в роли наиболее развитого отдела. Полушария подразделяются на 4 ключевые доли:

  • Лобная
  • Теменная
  • Затылочная
  • Височная

Лобная доля отвечает за двигательные возможности, теменная – за терморегулирование, затылочная и височная доли – содержат зрительные и соответственно слуховые и обонятельные центры.

  1. Промежуточный отдел

Располагается в передней части среднего мозга. Функциями данного отдела является поддерживание температуры тела, кровяного давления, координация работы внутренних органов, а также регулирование двигательных рефлексов. Именно через этот отдел проходят все чувствительные пути к конечному мозгу.

Включает в себя:

  • Таламус
  • Гипоталамус
  • Третий желудочек
  1. Средний отдел

Является наименьшим из всех отделов мозга и продолжает путь моста. Выполняет следующие функции:

  • Двигательные
  • Сенсорные
  • Регулирующие
  1. Задний мозг (мост и мозжечок)

Мозжечок и мост представляют единую структуру. Мост выполняет соединяющие функции, а именно связывает полушария мозжечка. Непосредственно мозжечок находится за продолговатым отделом мозга, в затылочной области и отвечает за двигательную координацию и поддержание равновесия тела.

  1. Продолговатый отдел

Данный мозговой отдел продолжает путь спинномозгового отдела. Он управляет такими функциями, как дыхание, сердечная деятельность, пищеварение, также защитными рефлексами.

Возможно ли изменение структур мозга под влиянием внешних факторов

Многочисленные исследования показывают, что наш мозг реагирует на абсолютно все различные изменения. Однако, в зависимости от состояния человека или методе воздействия на его, мозг работает по-разному.

Для того чтобы наглядно разобрать как мы видим мозг при различных способах воздействия на него, были проведен эксперимент с использованием МРТ диагностики:

Чтобы понять, как работает мозг счастливого человека, ученые из Японии провели исследование, которое показало, что мозг у счастливых людей вырабатывает большее количество серого вещества в предклинье, чем у несчастливых людей. Предклинье – это малая часть мозга, которая заложена в теменной доле. Ученые утверждают, что эта часть отвечает за наше самосознание и зрительно-пространственное восприятие образов.

Исследование показало, что более счастливые люди обладают более высокими показателями серого вещества в предклинье. По мнению ученых, есть прямая связь между происходящими в мозге явлениями и ощущением удовлетворенности своей жизнью.

Следовательно, любые внешние раздражители могут менять нашу мозговую структуру, однако, каждый отдельный случай по-разному воздействует на наш мозг.

Мозг 65-летней женщины был разрезан на 7400 кусочков, чтобы создать самый подробный в мире трехмерный атлас человеческого мозга и продвинуть исследователей на шаг ближе к обратному проектированию его витиеватых схем.

«Атласы» мозга являются ключевыми инструментами исследователей и врачей для определения того, какие зоны «загораются» в ходе мыслительного процесса, выполнения человеком определенного задания или хирургии под визуализационным контролем. Чем выше разрешение такого атласа, тем лучше врачи могут работать с самыми маленькими частями мозга и их индивидуальными функциями.

Создатели атласа - специалисты из Канады и Германии - предоставили модель ультравысокого разрешения, в 50 раз более подробной, чем обыкновенный скан - в бесплатном интернет-формате. Они также опубликовали результаты своей работы в четверговом номере журнала Science (Наука).

Атлас, получивший название BigBrain (Большой мозг), создает общую платформу для открытой всемирной научной дискуссии о мозге, говорит один из его создателей Карл Зиллес (Karl Zilles) из университета Генриха Гейне в Дюссельдорфе.

Зиллес рассказал о новом способе лечения болезни Паркинсона — глубокой стимуляции головного мозга, когда через электроды, имплантированные в определенные точки мозга, отправляются электрические импульсы. Он отметил, что BigBrain, возможно, откроет двери к более точной локализации мест имплантации электродов и сделает этот метод более эффективным.

После того, как тысячи похожих на целлофан кусочков были окрашены и оцифрованы, карта с разрешением практически на уровне клеток продемонстрировала целую систему уровней, волокон и микросхем мозга женщины.

Хоть мозг человека и отличается в зависимости от возраста и личностных особенностей, в целом у него одинаковая анатомия и система распределения структур, говорит один из создателей атласа Алан Эйванс (Alan Evans) из Института нейрохирургии Университета Макгилла в Монреале. Существуют «незначительные различия в форме» среди разных людей, однако все атласы начинаются с одного мозга-«модели» и затем уже развиваются далее.

Больше всего группа ученых была ограничена в возможностях и мощности обработки данных. Чтобы составить карту человеческого мозга с пространственным разрешением в один микрометр - что было ранее сделано с мозгом мыши - потребовалась бы 21 тысяча терабайт данных, а это фактически сделало бы навигацию в проекте невозможной. По сравнению с этим BigBrain с его разрешением в 20 микрометров состоит примерно из одного терабайта информации. Предыдущие основанные на магнитно-резонансной томографии атласы имели разрешение в 1 миллиметр.

Ричард Ли (Richard Leigh), невролог из университета Джона Хопкинса, говорит, что надеется на «тест-драйв» проекта BigBrain в своем исследовании, посвященном восстановлению после инсульта. С возможностью отслеживания микроскопических деталей Ли сможет увидеть, какие группы нейронов прорастают в ходе процесса восстановления после инсульта. Раньше ему было доступно лишь размытое изображение.

В среду Эйванс находился в Сиэтле, работая вместе с Институом Аллена по исследованиям мозга. Созданный одним из основателей Microsoft Полом Алленом (Paul Allen), который передал учреждению 500 миллионов долларов с момента его образования в 2003году, институт также создал свой - хотя менее подробный - атлас мозга.

BigBrain - это часть Проекта ЕС по человеческому мозгу, в рамках которого специалисты в сфере неврологии, медицины и компютерных наук собираются вместе, чтобы разгадать тайны мозга.

Президент Барак Обама в апреле заявил об инициативе создания карты человеческого мозга, описав ее как путь к лечению неврологических заболеваний и укреплению экономики.

Оригинал публикации: Scientists create high-resolution 3-D atlas of human brain

Головной мозг, encephalon, является высшим органом нервной системы, регулирующим взаимоотношения организма и среды, а также управляющим функциями организма.

С анатомо-функциональных позиций выделяют несколько уровней:

I уровень - высший, осуществляющий высшее управление чувствительной и двигательной сферами, процессами логического мышления, памяти, воображения (кора головного мозга);

II уровень - управление непроизвольными движениями и регуляция мышечного тонуса (базальные ядра полушарий большого мозга);

III уровень - центр эмоционального контроля и эндокринной регуляции - представлен лимбической системой (гиппокамп, гипофиз, гипоталамус, поясная извилина, миндалевидное ядро);

IV уровень - низший, управляющий вегетативными функциями организма и передающий сигналы в различные центры (ретикулярная формация и некоторые другие центры ствола мозга).

Большой мозг, cerebrum;
вид сверху.

Головной мозг залегает в полости черепа. Форма внутренней поверхности черепа повторяет форму и рельеф головного мозга.

У взрослого человека головной мозг (без твердой мозговой оболочки) имеет массу в среднем 1375 г , сагиттальный размер составляет 16 - 17 см, поперечный - 13-14 см, вертикальный - 10,5-12,5 см; средний объем - 1200 м3.

Прямая связь массы мозга и одаренности человека не подтверждается.

Головной мозг подразделяют на ствол головного мозга, мозжечок и большой мозг.

Большой мозг покрывает мозжечок и ствол мозга, так что обе эти части головного мозга видны лишь со стороны его нижней поверхности, окруженные лобными и височными долями большого мозга.

На нижних поверхностях лобных долей расположены обонятельные луковицы и обонятельные тракты , задние концы которых переходят в обонятельные треугольники . Эти образования входят в состав обонятельного мозга, составляющего часть большого мозга.

Позади обонятельных треугольников находится зрительный перекрест , продолжающийся кзади и латерально в зрительные тракты . Сзади к зрительному перекресту прилежит серый бугор , позади которого лежат сосцевидные тела . Эти образования относятся к промежуточному мозгу.
Латеральнее и кзади от сосцевидных тел видны ножки мозга (части среднего мозга ). Далее кзади виден мост , глубокой бороздой отделенный от продолговатого мозга. По бокам от моста и продолговатого мозга выступают полушария мозжечка .

Мост и мозжечок составляют задний мозг . Последний вместе с продолговатым мозгом представляют ромбовидный мозг . Продолговатый мозг, мост, средний и промежуточный мозг вместе образуют ствол мозга .

На нижней поверхности головного мозга видны места выхода 12 пар черепных нервов .
I пара - обонятельные нервы; проходят через продырявленную пластинку решетчатой кости и вступают в обонятельную луковицу.
II пара - зрительные нервы; выходят из зрительных каналов и образуют зрительный перекрест.
III пара - глазодвигательные нервы; выходят из медиальной поверхности ножек мозга.

IV пара - блоковые нервы; огибают латеральную поверхность ножек мозга.
V пара - тройничные нервы, выходят из боковых участков моста.
VI пара - отводящие нервы,

VII пара - лицевые нервы,

VIII пара - преддверно-улитковые нервы; все выходят из заднего края моста (VI пара - ближе к срединной линии).
IX пара - языкоглоточные нервы,

X пара - блуждающие нервы,

XI пара - добавочные нервы; все выходят из продолговатого мозга, ближе к его задней поверхности.
XII пара - подъязычные нервы; принадлежат продолговатому мозгу, но их корешки выходят ближе к его передней поверхности.

Выпуклая поверхность головного мозга полностью образована полушариями большого мозга.

На сагиттальном разрезе головного мозга видны все его отделы и их крупные части. Значительную часть разреза занимает медиальная поверхность полушарий большого мозга, ограниченная снизу мозолистым телом . Еще ниже виден свод мозга. Под затылочной долей полушарий большого мозга находится мозжечок .

Остальные образования, видные на разрезе, принадлежат стволу мозга : таламус и гипоталамус (промежуточный мозг), крыша среднего мозга и ножки мозга (средний мозг), мост и продолговатый мозг.

Гловной мозг, encephalon ; вид снизу.

Трехмерный атлас человеческого мозга создан с беспрецедентной точностью, это результат 10-летней работы международной группы нейробиологов.

Точнейший атлас головного мозга человека, названный Big Brain, представляет сведения о мозге одного определенного человека. Это была 65-летняя женщина, при жизни не страдавшая ни психическими, ни неврологическими заболеваниями. Ученые парафинировали ее мозг, а затем нарезали получившийся твердый препарат тонкими слоями с помощью микротома и визуализировали получившиеся срезы с точностью в 20 микрометров, в 50 раз превышающей одномиллиметровое разрешение обычных изображений сканирования головного мозга. Авторы работы считают, что атлас Big Brain показывает организацию нейронов с такой точностью, что можно пересмотреть результаты прежних анатомических исследований. «Качество прошлых карт можно сравнить с картами Земли, которые создавались в XVII веке и выдавались за лучшие образцы картографии», комментирует достижение эксперт Nature News нейробиолог из Вашингтонского университета в Сент-Луисе (Washington University in St.Louis) Дэвид Ван Эссен (David van Essen). «Пространственное разрешение МРТ в 1мм не позволяло разглядеть микроструктуры мозга», - пояснила изданию The Scientist Катрин Амунтс (Katrin Amunts) из Исследовательского союза Аахен-Юлих (Julich Aachen Researce Alliance) в Германии. Созданный под ее руководством атлас Big Brain описан в Science (20 June, 2013).

В атласе собраны 7400 срезов головного мозга, каждый из которых тоньше человеческого волоса. Визуализация сечений с помощью микроскопа заняла в сумме 1000 часов и сгенерировала 10 триллионов байт информации. Суперкомпьютеры в Канаде и в Германии обрабатывали ее год за годом, преобразовывая полученные изображения в трехмерную форму и корректируя дефекты поверхности каждого слоя, шероховатости, которые могли возникнуть в ходе приготовления срезов. Весь атлас в скором времени появится в открытом доступе в интернете, сообщает Nature News. Big Brain – это часть проекта «Головной мозг человека» (Human Brain Project), 10-летней европейской инициативы по созданию суперкомпьютерной модели человеческого мозга, которая обойдется в 1 миллиард евро. Хотя атлас представляет данные только об одном персональном мозге, это важная отправная точка для будущей интерпретации данных по мозгу других людей, считает ван Эссен, сравнивая проект Big Brain с секвенированием первого генома человека. Полученный атлас будет служить ориентиром, справочной базой, с которой будут сверяться поступающие данные. Для начала авторы этой работы планируют сопоставить сведения из нового атласа с информацией, полученной на сегодняшний день Институтом мозга Пола Аллена (Paul Allen Institute for Brain Science) в Сиэтле, который занимается сходными исследованиями. Американские ученые получают структурные данные с несколько меньшим разрешением, чем в проекте Big Brain, однако атлас Института Аллена содержит подробные аннотации и карты экспрессии генов в головном мозге. Новости мировой науки вы найдете также на странице нашей программы в газете научного сообщества «Поиск».